自然流产后腰疼有两方面的原因，第一种生理性的因素是在自然流产后子宫仍然会逐渐收缩，收缩时释放前列腺素样物质会刺激腰骶部导致疼痛感。

　　第二种情况是自然流产后激发了感染，有可能导致持续性的疼痛，以腹痛和腰疼为主要表现，还可能表现出阴道分泌物的异常、肛门坠胀感等，需要进行相关的检查明确诊断，行足够的抗感染治疗，避免引起远期的并发症。