临床上可以将疼痛分为10级，肛瘘手术后的修建肉芽一般属于中等偏上的级别，大约在5-6级左右，大多数人都能耐受，一般也不会对患者的行动以及睡眠造成很大影响。

一般大多数的肛瘘患者在术后并不需要进行肉芽修剪，若患者因为肉芽的生长速度过快，并且肉芽出现高出皮肤表面，从而影响到切口的愈合，出现这种情况时才需将高出皮肤的肉芽及时进行修剪，从而促进肛瘘切口皮肤的愈合。

若是对于疼痛较为敏感则可于局麻下行肉芽修剪，并且可在修剪肉芽后口服止痛药来缓解疼痛，如口服双氯芬酸钠缓释片、布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等，随局部软组织肿胀减轻，炎症消失，并且新鲜的肉芽组织形成后，则疼痛会逐渐消失。修剪后需要注意消毒护理，如采取高锰酸钾溶液坐浴、硼酸溶液湿敷等，以促进伤口尽快愈合。