早晨肚子疼有可能是夜间受凉，胃、十二指肠溃疡，急性肠炎等疾病导致，具体如下：

1、夜间受凉：在夜间睡觉时肚子受凉，会导致胃肠道受到刺激，肠道蠕动加快，甚至有可能引起胃肠功能紊乱，从而诱发胃肠痉挛，引起早晨出现肚子疼、腹泻的症状表现。

2、胃、十二指肠溃疡：胃、十二指肠溃疡多由于高胃酸、胃蛋白酶的长期侵袭，防御失衡，消化自身黏膜，形成局部炎性缺损。因此，这类患者常存在胃酸分泌过多的情况，而夜晚到第二天早上，是一天中空腹状态最长的时段。胃酸对胃或十二指肠溃疡部位的侵蚀程度增加，而引起患者在早晨出现肚子疼的症状。疼痛部位一般常在中上腹部的位置。

3、急性肠炎：有可能是前一天晚上或睡前进食了不洁食物，如吃了含有致病性大肠杆菌、沙门菌属等细菌污染的食品，导致肠道感染，引发急性炎症反应，刺激肠道出现痉挛，特别是早晨起床，肠道蠕动会增强，就会出现明显的肚子疼症状，常伴随恶心、呕吐、腹泻等其他不适。