盐酸伊立替康注射液腹泻的副作用包括早发性和迟发性腹泻，早发性腹泻通常在给予硫酸阿托品注射液后即可缓解，迟发性腹泻一般情况下1-2天会消失，但不同病人情况不一样，具体需要根据患者体质和病情来看。

本药可以引起早发性和迟发性腹泻，它们由不同的机制产生，两种腹泻都可能出现严重的情况。早发性腹泻（在静滴盐酸伊立替康时或结束后的短时间内发生）是因为胆碱能作用所致，它通常是暂时性的，在静脉或者皮下注射硫酸阿托品注射液后即可缓解。迟发性腹泻（通常在使用本品24小时后发生，出现第一次稀便的中位时间为滴注后第5天）持续时间可能较长，可能导致脱水、电解质紊乱或感染，甚至为致命性的，其副作用持续时间主要却决于药物在体内存在的时间，主要看半衰期，在对不同类型肿瘤患者静脉滴注盐酸伊立替康注射液后，活性代谢产物SN-38的平均终末清除半衰期为10至20个小时，所以一般情况下腹泻副作用1-2天会消失，但也可能会因为患者病情和体质不同而有所差别。