睡醒喉咙有黄色的痰，可能是由于慢性咽炎、鼻窦炎、会厌囊肿等因素引起的，具体如下：

1、慢性咽炎：由于用嗓过度、讲话过多，过食烟、酒以及过度熬夜、劳累、压力过大等原因，毛细血管扩张、肥厚以及淋巴滤泡增生等，腺体分泌亢进，睡觉时由于体位因素，黏液无法排出，会出现睡醒喉咙有黄色的痰的症状，还可伴有灼热感或微痛感等局部表现。可以在医师的指导下服用复方硼砂含漱液、复方氯己定含漱液、九味芩香含漱液等药物缓解症状。

2、鼻窦炎：由于病毒、细菌感染，变态反应，鼻腔鼻窦解剖学异常等因素产生鼻窦炎，导致纤毛系统损伤，鼻黏膜血管慢性充血，分泌大量黏液脓性或脓性鼻涕，可以出现睡醒喉咙有黄色痰的症状，还可以伴有流涕、嗅觉障碍、鼻出血、局部疼痛和头痛等表现。可以在医师的指导下服用头孢呋辛酯片、阿奇霉素片、罗红霉素片等药物抗感染。同时结合黏液促排剂如：桉柠蒎肠溶软胶囊、盐酸氨溴索片、乙酰半胱氨酸颗粒等药物缓解症状。

3、会厌囊肿：由于喉黏膜的毛细血管扩张充血，并有较多的炎性细胞浸润，会厌腺体的黏液分泌增加，但排出不及时，所以会导致较多的黏液堆积在会厌的黏液腺体内，导致会厌囊肿的形成，由于睡觉时黏液无法排出，会出现睡醒喉咙有黄色的痰的症状，还可伴有吞咽困难、刺激性咳嗽等症状。可以在医师的指导下服用地塞米松片、泼尼松龙片、甲泼尼龙片等药物缓解症状，必要时行会厌囊肿切除术治疗。