肛瘘术后三个月仍有疼痛症状，可能属于术后恢复期正常现象，还可能是局部感染或瘢痕刺激、肛瘘复发等因素引起的，具体如下：

1、正常现象：病情较重的肛瘘手术行挂线疗法，术后三个月仍属于挂线治疗期间，因钝性切割作用持续存在，可刺激病灶区域出现轻度疼痛症状，属于术后恢复期正常现象，不需要特殊处理。

2、局部感染或瘢痕刺激：①术后切口出现局部感染，感染病灶分泌的炎性刺激可导致疼痛症状出现。②术后三个月切口位置的瘢痕组织增生可导致肛周神经受刺激，出现局部疼痛不适症状，其原因可能是因为患者自身瘢痕体质导致瘢痕增生不易软化所致，还可因为手术结扎或缝合过程使用机体不易吸收的缝合线持续性刺激所致。

3、肛瘘复发：肛瘘复发可有疼痛症状，瘘管外口可流出脓性、血性、粘液性分泌物，还可见肛门内组织发生糜烂破溃，局部出现疼痛、瘙痒症状。