肛门神经痛，可能是肛门直肠痛、肛门直肠神经官能症和血栓性外痔等原因引起，具体如下：

1、肛门直肠痛：既可因为肛周肌肉痉挛，比如肛提肌、梨状肌等肌肉痉挛引起，也可因为肛门周围神经刺激引起，比如阴部神经和尾骨神经。因为肛周神经较为敏感，在受到刀口、外伤和炎症因子的刺激下就可出现明显的肛门神经疼痛症状。

2、肛门直肠神经官能症：主要表现为肛门直肠周围的异常感觉，也可出现明显的肛门神经痛。病因较为复杂，一般认为与情绪焦虑、急躁等引起的肠道植物神经紊乱有关。除了肛门神经痛，病人还可出现大便变频、肛内阻塞感和异物感等表现。

3、血栓性外痔：血栓性外痔是外痔的一种，当外痔过度用力或腹内压剧增时可出现静脉缘破裂使血液外渗形成血块，形成血栓性外痔。此时，可因为压迫阴部神经引起较为明显的肛门神经疼痛症状，病人还可出现肛周暗紫色葡萄状物。