眼睛被细菌感染了是否能自愈，需要根据感染的严重程度、自身的体质来决定。如果患者感染的不是很严重，表现为眼睛微疼、发红等，且患者的自身健康状况良好，是可以自愈的，可以热敷眼睛得到缓解；如果患者眼部细菌感染比较严重，可能伴随着眼结膜充血、红肿，还有分泌物增多等症状，且患者免疫力还比较差，通常不能自愈，建议要及时的积极治疗，以免引发严重的并发症。

眼部被细菌感染了，细菌可能会在眼睛内大量繁殖，可引发麦粒肿、细菌性结膜炎、泪囊炎等疾病，可以根据不同的疾病来针对性的治疗，具体如下：

1、麦粒肿：早期可以采用局部热敷、使用抗生素滴眼液，脓肿形成后多会自行破溃排脓，严重者可切开排脓，如果麦粒肿反复发作，则可以口服或静脉应用头孢等抗生素来治疗。

2、细菌性结膜炎：也叫红眼病，建议患者采用敏感的抗生素类药物控制炎症，如妥布霉素滴眼液、阿奇霉素滴眼液、红霉素眼膏等，细菌性结膜炎是具有传染性的，在恢复期间，一定要做好隔离工作，避免用手揉眼，单独使用毛巾等。

3、泪囊炎：主要分为慢性泪囊炎和急性泪囊炎，治疗上主要采取药物治疗，如左氧氟沙星滴眼液，而慢性泪囊炎还需通过泪道置管术治疗和泪囊摘除手术，才可以达到治愈。