反流性食管炎可以自愈，但容易反复发作。

反流性食管炎患者可能存在胃酸反流，会使食管黏膜受到腐蚀，使症状进一步加重。如果反流长时间存在，会刺激到患者的咽喉部黏膜，从而导致慢性咽炎的发生。

治疗药物有增加患者胃肠动力的莫沙必利或者伊托必利等药物，与其他药物至少需间隔一小时以上服用。另外，可以选择控制患者胃酸分泌，法莫替丁或奥美拉唑等药物，而蓝芩颗粒或者冰桔片等药物，可以有效缓解患者的咽部咳嗽症状。而在平常生活中应注意清淡饮食，避免辛辣刺激，造成反流性食管炎的进一步加重。