肛门深处疼，可能是肛门内生长肿物、也有可能是内部有感染所导致。

第一、肛门内生长肿物，既有可能是良性息肉，也有可能是肠道的恶性肿瘤，需要去医院的普外科或者肛肠外科进行明确，一般需要做肛门指诊，还有肛门镜检查，有时也需要做结肠镜检查。如果发现有明显的肿物，需要进行手术切除并送病理活检，以明确其是否有癌细胞。如果是恶性肿瘤，则需要行肿瘤的根治性切除，后期可能需要给予化疗、靶向性药物治疗等；

第二、有可能是内部有感染所导致，需要完善检查，例如血常规、C反应蛋白、彩超或者是CT等。如果为该问题，需要给予抗生素进行治疗，例如头孢类抗生素，常用的药物有头孢呋辛、头孢他啶，有时也需要给予甲硝唑等进行治疗。