女性小便时尿痛有刺痛感可能是淋菌性尿道炎、细菌性膀胱炎、膀胱结核等疾病引起的，具体如下：

1、淋菌性尿道炎：主要是由于淋菌奈瑟双球菌感染引起的，主要通过性接触传播。淋病奈瑟双球菌可以诱发毒性物质产生，引发患者发生局部炎症，从而引起患者小便时尿痛和有刺痛感。患者可以选择注射用头孢曲松钠治疗，平时避免高危性行为并且和性伴侣一起治疗。

2、细菌性膀胱炎：主要是大肠埃希菌感染引起的，炎症物质刺激破坏膀胱黏膜，导致患者小便时尿痛和有刺痛感，疼痛多出现在排尿终末，疼痛主要在会阴部或耻骨上区。患者可以选择左氧氟沙星胶囊、碳酸氢钠片等治疗，治疗期间要多喝水。

3、膀胱结核：主要是肾结核杆菌污染的尿液沿着输尿管至膀胱而引起的，尿液中带有结核分枝杆菌或脓细胞，这些成分刺激膀胱可导致膀胱黏膜溃疡，从而导致患者小便时尿痛和有刺痛感。膀胱结核引起膀胱穿孔时，可手术修补膀胱穿孔，并做膀胱造瘘术。术后可以使用利福平、异烟肼等治疗。