女生小便完擦拭的时候有点疼，可能由于尿道损伤、尿路感染、尿道结石等原因导致的，具体如下：

1、尿道损伤：常见的原因是由外力作用导致的，如性交时损伤、骑跨伤、交通事故、尿道内机械操作等，女性常见的损伤部位为尿道、阴道、大阴唇等；患者常有排尿困难，尿道疼痛，血尿等不适。需要依据损伤的原因、部位、严重程度进行评估，如果症状较轻，可以口服抗生素治疗，如头孢地尼分散片、盐酸左氧氟沙星片、头孢呋辛酯片等。若症状较重，出现尿道疼痛剧烈、血尿、排尿困难等症状，可行尿道断端吻合手术治疗。

2、尿路感染：是指各种病原微生物在尿路中生长，繁殖而引起的炎症性疾病，多见于育龄期的妇女，老年人；常有尿频、尿频、尿痛、下腹部刺痛等症状。予以尿常规、尿细菌培养等检查可明确诊断，急性期建议多饮水，勤排尿，少吃辛辣刺激的食物，还可口服碳酸氢钠片以碱化尿液，缓解症状，抑制细菌生长避免形成血凝块，如果细菌培养结果未出，可经验性选用对革兰氏阴性杆菌有效的抗生素，如盐酸左氧氟沙星片、阿莫西林胶囊、头孢唑肟钠等。

3、尿道结石：发病是由多种原因造成的，如自然和社会环境、先天和后天的差异，包括遗传因素、生活习惯、所患疾病等对结石的形成起重要作用，主要表现为尿频、尿频、尿道痛等症状。予尿路平片、静脉尿路造影等检查可明确诊断，如果结石光滑并小于0.6cm，无梗阻、无感染，可大量饮水，调节饮食，适度活动，尝试使结石随尿液排出体外，如果结石较大，可考虑外科手术碎石治疗。