直肠炎需要针对病因进行治疗。

首先最常见的是溃疡性结肠炎，溃疡性结肠炎属于一种自身免疫异常引起的慢性炎症，具有反复发作、终身反复的特点。主要选择5-氨基水杨酸、糖皮质激素、细胞免疫抑制剂治疗，病程多在两年以上，有些患者需要终身维持治疗。其次是非特异性的直肠炎，即非感染因素引起的直肠炎，可以选择益生菌，如双歧杆菌、复方嗜酸杆菌等调理肠道菌群，或者使用调理胃肠功能的药物进行治疗。此外，感染性的直肠炎，是由大肠杆菌或痢疾杆菌感染引起，可以选择有效的抗菌素，如头孢、左氧氟沙星、奥硝唑、甲硝唑等进行治疗。

感染性的直肠炎延常通过有效抗菌治疗之后，症状可以得到迅速的缓解，非特异性的直肠炎需要调理的时间会比较长。