肛门核磁共振检查主要是肛门部位的成像扫描，还需要静脉注射药物进行强化成像。如果做肛门核磁共振检查，主要用于排除肛周局部某些器质性病变或者炎性粘连组织的病理变化，以及肛瘘和肛周肿瘤的检查。如果是肛瘘患者，通过磁共振可以明确肛瘘瘘管的走向以及肛瘘内口的位置，以便于手术的设计和手术中的漏洞查找，并清理隐蔽的内口，让治疗效果更佳。肛周肿瘤做核磁共振主要来判断肿瘤的大小、肿瘤的边界、肿瘤的质地、肿瘤的位置及其与邻近器官的关系，以及是否有肿大淋巴结，从而协助肛周疾病的诊断和治疗，尤其是手术前进行评估并设计手术方案。

但临床上没有专门做肛门核磁共振检查的，主要是下腹部和盆腔的核磁共振检查。而且核磁共振检查虽然可以观察直肠形态，但肛门属于消化道末端，核磁共振检查很难看到肛门的形态，肛门检查最好是做直肠指诊或者直肠镜，诊断疾病会更加明确。