子宫内膜异位症的临床表现有多种多样，由于病变的部位不同，临床表现也可以不相同。

最常见的、最典型的症状就是继发性痛经，并且随着局部病变的进展而渐进性加重，但是并不是所有的患者都有这么典型的症状，少数患者可以有长期的下腹疼痛，形成了慢性盆腔痛，在月经期前加重。大约有三分之一的患者可以出现性交痛，在月经来潮前性交痛是最明显的。还有少部分患者只有月经的异常，如经量增多，经期延长或者月经淋漓不尽。内异症的患者大约有百分之五十的人发生不孕。另外，还有一些患者异位的身体的其他部位，都会出现相应部位的临床症状。