三岁的宝宝拉肚子的原因很多，如消化不良、肠胃炎、肠套叠、阑尾炎等，不能一概而论吃什么药效果好，需要针对不同的病因采用不同的治疗方式，具体如下：

1、消化不良：喂养不当往往容易引起宝宝消化不良，此时宝宝可能会出现拉肚子、腹胀等症状，可适当予以腹部按摩，并可口服蒙脱石止泻，注意吃卫生、清淡、易消化的食物；

2、肠胃炎：导致宝宝肠胃炎的原因主要包括细菌、病毒、真菌等原因。若细菌感染所致，则宝宝会出现拉肚子，并且大便往往带有粘液，有的甚至会有血便，此时需要应用抗生素，如头孢类药物；若为真菌感染，宝宝也会出现拉肚子，大便表面可能会有假膜，此时需应用抗真菌的药物，如氟康唑等；若为病毒感染，则宝宝拉肚子主要是以蛋花汤大便为主，此时主要以对症治疗为主，包括口服蒙脱石止泻；口服益生菌如枯草杆菌二联活菌颗粒调节肠道菌群；口服谷氨酰胺保护肠道黏膜；适当补锌、补液等，对症治疗对细菌或真菌感染所致的肠胃炎也适用；

3、肠套叠：宝宝如果有拉肚子，同时还有血便、腹痛和腹部包块，则需警惕有肠套叠，需完善腹部平片等检查；若确诊为肠套叠，此时吃药是没什么效果的，可行空气灌肠复位，若严重者则需外科手术；

4、阑尾炎：某些阑尾炎的宝宝症状不典型，有时也会出现拉肚子的表现。若为阑尾炎，不严重者首先可选择内科保守治疗，尊医嘱用药，如口服抗生素（如左氧氟沙星、头孢克肟等）；若效果不佳或病情严重者，则需行外科手术，包括有腹腔镜下手术或开腹手术。