滑膜骨软骨瘤有的患者在早期的时候没有任何症状，有的患者可以表现为关节疼痛、肿胀和活动受限，甚至可触及自由体，经常发生关节交锁，关节肿胀可逐渐增大，有时可能在关节处发积液。该病的病程通常很长，发展比较缓慢，可持续数月至数年。

滑膜骨软骨瘤是一种良性、自限性病变，滑膜切除或不完全切除，尤其在疾病早期易复发，即使复发后进展也缓慢，也不会引起严重的临床问题。病变侵蚀关节面并可导致继发性退行性改变。滑膜骨软骨瘤发展成软骨肉瘤，关节症状持续很长时间，发展成顽固性疼痛的人，表现出恶性转化。