当脚丫子中间长了个肉疙瘩还疼时，主要需要考虑毛囊炎、鸡眼、跖疣等可能，建议在明确病因后采取相应的处理措施。

1、毛囊炎：当脚丫子中间皮肤组织中的毛囊被金黄色葡萄球菌等病原体感染后，在炎性反应的作用下，就会以毛囊为中心长出肉疙瘩，在活动时可有疼痛感。在处理方面，需要做好患处皮肤的清洁工作，尽量避免长时间活动，建议外用夫西地酸乳膏、莫匹罗星软膏、盐酸克林霉素凝胶等药物局部抗感染治疗。

2、鸡眼：当脚丫子中间部位长期受到外力的机械性刺激时，就会导致角质层的异常增生，出现的增生物被称为鸡眼，可表现为肉疙瘩，在长时间站立或行走时有疼痛感。在处理方面，可外用水杨酸苯酚贴膏、尿素软膏、水杨酸软膏等药物缓解症状，也可进行激光、冷冻、电灼、挖除等方式去除鸡眼。

3、跖疣：当脚丫子中间的皮肤组织受到人乳头瘤病毒的感染后，就会长出跖疣，可表现为突出于皮肤的肉疙瘩，并伴有疼痛感。部分跖疣可自行消失，当跖疣数量多活疼痛明显时，可外用维A酸乳膏、水杨酸软膏、咪喹莫特乳膏等药物治疗，也可采用冷冻、微波、光动力等物理方法破坏疣体。