肛门红肿疼痛的治疗方式需要根据具体病因来决定，可引起肛门红肿疼痛的疾病有肛周脓肿、痔疮、直肠脱垂等。建议患者及时至专科查明病因，根据病因对因、对症治疗，防止病情恶化、治疗延误。其具体治疗方式如下：

1、肛周脓肿：肛周脓肿为肛周组织的感染性病变，常由肛腺阻塞、肛隐窝感染引起。肛周脓肿在局部脓腔出现于肛门周围时可在肛门处出现疼痛不适、红肿发热、肿胀区域可触及波动感、坐卧不宁、大便秘结、里急后重等直肠刺激症状。其治疗通常需行切开引流或其他手术治疗方式（如挂线疗法），术后需要定期换药及冲洗脓腔。还可外用抗生素软膏如红霉素软膏、莫匹罗星软膏，口服或静滴相关敏感性抗生素如头孢哌酮、氧氟沙星等控制局部炎症感染。同时在治疗期间患者需要调整饮食结构，禁忌辛辣刺激性饮食，多摄食新鲜蔬菜水果，同时还可需做好肛周的清洁卫生，适当温水坐浴等。

2、痔疮：通常痔疮不会引起肛周红肿疼痛症状，但如果出现III度及以上的内痔，脱出于肛门并出现嵌顿时可出现肛门旁红肿疼痛症状。此外，外痔的痔核破溃感染或出现血栓性外痔也可导致肛门红肿疼痛症状。当出现上述症状说明痔疮的病情一般较重，保守治疗效果欠佳，一般选择注射硬化剂治疗、激光治疗、手术治疗（单纯痔核切除术、外剥内扎术、PPH等）等，同时治疗期间也需要调整排便习惯和饮食结构，局部可外用痔疮膏、红霉素软膏、莫匹罗星软膏等行止痛、抗感染处理。

3、直肠脱垂：为腹内压增加时导致的直肠粘膜、肛管、直肠和部份乙状结肠向下移位脱出于肛外的一种疾病，脱出的直肠结构可使患者自觉肛门处出现红肿症状伴明显疼痛，临床上还可出现黏液便、便秘、里急后重、大便失禁及直肠出血等症状，严重者可导致肛门失去排便功能。其治疗以手术治疗为主，轻度脱垂时可行硬化剂注射治疗、肛门环缩小术或括约肌成形术，重度完全性脱垂手术术式包括直肠悬吊及固定术、脱垂肠管切除术、肛门环缩小术、PPH等。