真菌性的疾病种类很多，可分为系统性真菌病、皮肤真菌病，皮肤真菌病又可分为浅部真菌病和深部真菌病。

系统性的真菌病就是真菌感染了内脏器官，如真菌感染呼吸系统、肺部，像念珠菌性的肺炎或念珠菌引起肠炎，还有隐球菌引起的中枢神经系统感染，就是隐球菌脑膜炎，属于系统性的真菌感染。再就是皮肤上的真菌性的疾病，又可分为浅部真菌病和深部真菌病，浅部真菌病主要是感染皮肤的表层，比较常见的包括体癣、股癣、手癣、脚癣、花斑癣等等，还有的是感染皮肤的附属器，包括头发，引起头癣，指甲引起了甲癣，就是俗称的灰指甲，都是浅部真菌病。深部真菌病主要是感染了真皮和皮下组织，也有一些比如孢子丝菌病、着色真菌病等等，属于深部真菌病。