咽峡炎多起病急促，临床表现为咽痛、咽干、异物感等症状，儿童患者会出现流涎、厌食、拒哺等症状。

咽峡炎分为急性咽峡炎及慢性咽峡炎：一、急性型起病急，先在咽和口腔黏膜、扁桃体和口角等处，出现针尖大小的疱疹，呈圆形或者是椭圆形，孤立或丛集在一起，很快破裂形成浅溃疡，表面覆盖有淡黄色的假膜，周围黏膜呈鲜红色。伴有畏寒、发热、咽部灼热疼痛，婴幼儿哭闹不安，拒饮食，颌下淋巴结肿大并有压痛。二、慢性型多见于成年人，咽及口腔黏膜出现少数疱疹，破溃后覆有灰白色的假膜，四周黏膜淡红。此愈彼起，持续甚久，咽部及口腔微感灼热疼痛，无明显其他的一些症状。