小儿克罗恩病有以下症状：亚急性或慢性起病，也有部分以急性暴发性起病。表现有腹胀、腹泻，婴儿年龄小不会讲腹痛，多表现为哭闹，多发生在餐后。可出现便秘腹泻交替现象，大便呈黏液稀便、黏液脓血便甚至血水样便，可伴有大便排不干净。可以出现不同程度发热及各种肠外表现，如关节炎、皮疹、虹膜睫状体炎等。

病程较长或反复发作，对小儿营养和生长发育造成很大影响，可能有肠出血、肠狭窄、肠梗阻、肠穿孔等并发症。还有肛周的病变，包括肛门直肠周围瘘管、脓肿形成、肛裂及皮赘等病变。