巧克力囊肿有可能会癌变，不过几率较低。

巧克力囊肿也叫卵巢子宫内膜异位囊肿，主要是异位的子宫内膜在卵巢内生长而形成的一种囊肿，由于囊肿内部有陈旧性积血呈褐色，且黏稠如液态巧克力，因此而得名巧克力囊肿。从组织学角度来说，虽然巧克力囊肿是属于一种良性的病变，但是在临床行为上具有类似恶性肿瘤的特点，如果没有及时治疗，当囊肿增长过快，有少部分几率会发生种植、侵袭及远处转移的现象，因此巧克力囊肿会有小概率癌变的可能性。

巧克力囊肿不及时治疗时，患者可能会出现痛经、月经不调、不孕等症状，为避免病情反复，建议患者要及时进行腹腔镜下囊肿剥除术、腹腔镜下囊壁电灼术、卵巢部分切除术等手术治疗，术后大多数患者都可以达到治愈的目的。