间隔三个月吃紧急避孕药危害大不大需要视情况而定，因个人体质不同，药物代谢掉的时间也不同，对身体的危害程度也不能一概而论。

紧急避孕药一般是大剂量的孕激素类药物，不适合经常服用，可以在性生活避孕失败后偶尔服用一次，一年内最好不要服用超过三次。如果紧急避孕药服用过多，可能会导致月经紊乱，经量增多或经期延长，月经淋漓不尽等，服用过多，长期下去可能会影响卵巢和子宫，进而有可能造成继发性不孕，对身体危害是很大的。间隔三个月后再次服用紧急避孕药，如果体内药物已经完全代谢掉，而且吃完后没有月经不调或阴道不规则流血等，一般对身体的危害是比较小的。

紧急避孕药并不能作为常规的避孕方式，可作为偶尔一次无保护性同房的补救措施，建议选择避孕套避孕，不仅可以有效避孕，还可以预防性传播疾病。