轮状病毒性肠炎患儿的治疗，首先予以调整饮食，给予清淡、易消化的食物，鱼、蛋、肉暂停。如果是人工喂养的宝宝，可以给予无乳糖奶粉喂养，母乳喂养儿则继续母乳喂养。目前还没有针对轮状病毒的特效抗病毒药物，轮状病毒感染有自限性，予以对症治疗就可以。如果伴有腹泻、呕吐，可予以保护胃肠黏膜的药物，如蒙脱石散，调节肠道菌群的药物，如益生菌；如果伴有发热，可以给予退热药，如对乙酰氨基酚或者布洛芬口服；如果腹泻引起了脱水，可予以口服补液盐或者静脉补液；部分患儿还可以给予补锌治疗，有利于肠黏膜的修复。

轮状病毒肠炎流行广泛，可以予以口服轮状病毒疫苗，预防轮状病毒性肠炎。