肾囊肿本身的并发症发生率较低，肾囊肿绝大多数是良性疾病，可导致并发症如囊内感染和出血、局限性肾积水、囊性肾癌。

首先就是体积增大到一定程度，可出现囊内感染和出血，导致相应的发热和突发的一侧腰痛，少数囊肿可引起自发性破裂，导致患者需要紧急就诊；囊肿增大以后，压迫到集合系统可以引起局限性肾积水，引起腰痛、腰酸、腰胀，或是反复发作的肾盂肾炎及肉眼血尿等，这些的比例都不会很高，在2%到3%，甚至更低；还有一些囊肿，由于某些位置的原因或是长期的刺激，可能发生恶变，形成囊性肾癌，这种的比例也不会很高，占5%左右。所以，肾囊肿基本上不会有太多的并发症，发现是囊肿，可定时观察，在体积小于4公分的时候，基本上无需特别处理，超过4到6公分，可考虑做一个腹腔镜下的囊肿去顶术来进行治疗。