灰指甲主要是采用抗真菌药物来治疗。比较轻的可以采取外用抗真菌药物，像阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂等治疗；如果是比较严重的，也可考虑内服药物，比如伊曲康唑、特比萘芬和氟康唑内服治疗。这些药物经过多年的验证，都是比较安全、可靠的治疗药物。灰指甲要想根治，关键是疗程要足够，如果疗程不足，那么局部可能有残余的真菌，可以在停药之后造成复发。另外要注意局部清洁卫生，鞋袜要勤洗、勤换、勤消毒，这样才能使灰指甲最终得到根治。

灰指甲医学上叫做甲真菌病或者甲癣，是由皮肤癣菌等致命真菌感染甲板，还有甲周组织所引起的病变。