运动后肩膀非常疼，考虑是乳酸堆积、肌肉拉伤、肩周炎等原因导致的，可根据病因的不同，采取一般治疗及药物治疗，具体如下：

1、乳酸堆积：在运动的过程中，运动强度相对较大，会导致体内产生的乳酸不能在短时间内分解，从而在体内聚集过多，形成乳酸堆积，导致运动后肩膀非常疼，伴有肿胀，活动受限等。建议局部进行热敷，比如理疗、烤电、热敷、疏通经络，加快局部的血液循环速度，促进乳酸排泄，可减轻缓解临床症状。

2、肌肉拉伤：如果在运动时肌肉受到突然的直接牵引力，就会导致肌肉拉伤，导致运动后肩膀疼痛、肿胀、肌肉痉挛等。建议早期采取冷敷，24小时之后可以进行热敷和理疗，抬高患肢进行保守治疗。也可以在医生指导下外用膏药，如氟比洛芬凝胶贴膏、云南白药胶囊、三七片等进行治疗。

3、肩周炎：一般认为是滑囊炎和关节囊纤维化共同作用的结果。如果患有肩周炎，要适量的运动，如果锻炼太过或者不适当的锻炼方式，导致运动后肩膀疼痛严重，甚至出现肩部僵硬等表现。若疼痛严重，可服用非甾体类的消炎药，如依托考昔片、氯诺昔康片、利培酮片等，可有效的减轻组织的炎症胀痛。日常可以用爬墙法、画圈法、梳头法锻炼肩周。