因南瓜子仁脂肪占48.1%，每100g南瓜子仁提供576kcal，所以属于高能量食物，不建议和脂肪含量高的食物同时食用，例如肥肉、油炸食品、奶油等；南瓜子蛋白质含量高，肾功能衰竭患者需要限制；另外，南瓜子还含有南瓜子氨酸，不适宜胃肠道不适的人群食用。而药物方面，南瓜子不存在绝对不能一起吃的药物。

南瓜子属于种子类食物，含有丰富的必需脂肪酸(亚油酸)、氨基酸（蛋白质含量33.2%）、植物甾醇、矿物质及维生素等，营养价值高。南瓜子具有一定的驱除寄生虫，抗炎，抗氧化，降低低密度胆固醇，缓解高血压，改善膀胱刺激等作用。