超声内镜检查是否会痛苦，与选择的类型有关，普通超声内镜有一定痛苦，无痛超声内镜检查不会有痛苦感。

超声内镜检查与胃镜一样属于侵袭性操作。普通超声内镜操作有一定痛苦，特别是大超，由于镜子直径明显比胃镜粗，在进咽喉和操作过程中病人会有明显的不适，主要有恶心、反胃、腹胀不适，甚至呕吐、呃逆，不少病人紧张、烦躁。有时超声内镜检查特别在食管操作，注水过多容易引起病人呛咳甚至误吸。当然内镜操作医生的手法和操作熟练程度，也会引起病人感觉不同。目前有无痛超声内镜，患者静脉麻醉下进行操作，可以很好的解决上述患者操作中各种不适，患者配合度和检查的安全性可以提高。