甲胎蛋白是原发性肝癌的重要指标，其升高可能是肝炎，也有可能是肝癌，可以从甲胎蛋白的升高幅度判断。一般正常人血清中甲胎蛋白的含量不到20μg/L，肝炎时多为轻至中度升高，很少大于200ng/ml，升高一般持续2到4周就开始下降，或轻微下降而在低水平波动；肝癌时甲胎蛋白常大于400ng/ml，且往往会越来越高。

肝炎患者如果用核苷类药治疗，随着血清乙肝病毒DNA和转氨酶水平降低，甲胎蛋白也会明显降低；应用干扰素治疗的病人，肝内炎症消散比较慢，甲胎蛋白升高可能几个月内都会有波动；如果经过抗病毒治疗，病毒和炎症的检查数据下降，而甲胎蛋白继续升高，就要高度警惕肝癌的发生。