扁桃体摘除后还是发炎，主要考虑与扁桃体残体发炎、急性咽喉炎、疱疹性咽峡炎等因素有关，不同的病因治疗方法也不同，具体如下：

1、扁桃体残体发炎：部分患者是做扁桃体部分切除术，或者扁桃体做切除手术以后可能出现扁桃体残留，扁桃体残体在免疫力低下、病原菌（比如细菌、病毒等）感染后出现残体发炎，通常表现为咽部疼痛等。若是细菌感染所致，建议应用抗生素治疗，比如头孢克肟、左氧氟沙星、罗红霉素等；若是病毒感染所致，则建议应用抗病毒的药物，比如利巴韦林、奥司他韦等；若出现扁桃体残留部反复发炎，则建议行手术切除治疗。

2、急性咽喉炎：主要是咽喉部黏膜受细菌或者病毒感染引起的炎症，这并非是扁桃体区域发炎，通常表现为咽喉疼痛、声音嘶哑、吞咽困难等症状。若是细菌感染所致，建议头孢丙烯、阿莫西林、莫西沙星等进行抗感染治疗；若是病毒感染所致，则建议应用抗病毒的药物，比如利巴韦林、奥司他韦等。在治疗期间建议多喝水，避免食用辛辣刺激性的食物。

3、疱疹性咽峡炎：是由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹溃疡为特征的急性传染性咽颊炎，并非是扁桃体发炎，在其局部会有疱疹形成，伴有咽部疼痛。目前对于该病尚无特效疗法，主要是对症治疗。比如注意口腔卫生，保持口腔清洁；可以用淡盐水进行漱口，用10%硝酸银涂于溃疡处，也可以用冰硼散等以减轻咽痛的症状。同时多吃富含维生素C的水果，以增强机体抗病能力。如有发热（腋温38.5℃）可使用布洛芬等退热。在治疗期间做好隔离措施，避免疾病传染给他人。

上述药物均需在医生指导下使用。