如果是流感病毒感染引起的甲型和乙型流感病毒，可以给予口服奥司他韦；水痘-带状疱疹病毒感染可予口服阿昔洛韦；单纯疱疹病毒感染引起疱疹性口炎，也可口服阿昔洛韦；乙肝病毒感染则予以拉米夫定等；丙肝病毒感染则予以格卡瑞韦等。

大多数病毒感染没有特效抗病毒药，多数有自限性，可以予以清热解毒的中成药，如清开灵、连花清瘟颗粒、小儿开喉剑喷雾剂、小儿柴桂退热颗粒、小儿解表颗粒、小儿双清颗粒、健儿清解液、小儿肺热咳喘颗粒、小儿豉翘清热颗粒、蒲地蓝消炎口服液等。