肛周脓肿常位于肛门后方或侧方皮下间隙，范围一般不大，主要表现为肛周持续性跳动性疼痛，全身感染性症状不明显，病变处有明显的红肿、硬结和压痛，脓肿形成后，可有波动感，穿刺时易抽出脓液。

但是有些高位组织出现感染，也表现为肛周脓肿，如坐骨肛管间隙脓肿，是由于肛腺感染，穿过外括约肌，向外扩散到坐骨肛管间隙形成，患者会出现发热、排尿困难和里急后重感。

还有其他一些位置，如骨盆直肠间隙脓肿，是由于脓肿现象穿破肛提肌，进入骨盆直肠间隙引起。