胃镜和肠镜通常都是一起做的，尤其是无痛的胃肠镜。因为如果胃镜和肠镜一起做，可以省一次麻醉费，患者还可以节约时间，避免再次做胃肠道准备的麻烦。

胃镜可以检查出食管、胃、十二指肠的肿瘤、溃疡、炎症和血管病变等。肠镜可以深达回盲部和部分末段小肠，可检出结肠的病变。胃肠镜除可以作为诊断的方法，还可以在胃镜、肠镜下做治疗，尤其是发现息肉的时候，可以做钳除术或息肉电凝切除术治疗。如果胃镜下发现有食管胃底静脉曲张破裂出血或者是消化性溃疡病出血、血管畸形出血等，可以在内镜下做止血治疗。