精子质量低下会影响胚胎的发育质量，但这种影响是次要的。

因为精子质量低下，首先造成的后果就是很多精子无法到达输卵管壶腹部，因此无法形成正常的受精卵，会造成女方不孕。所以，精子活力低下基本上连怀孕都无法实现，就更不能完成胚胎发育了。当然，有一些患者精子活力低下，但是女方怀孕了，这其中有一定的运气成分，整体而言，怀孕后绝大多数胚胎能够正常发育。如果男方存在先天性的基础性缺陷，例如基因突变、染色体缺失等，这时即使形成了受精卵，后天的发育也会出现相应的自然淘汰，引起流产。所以在孕前最好做一些相关检查，同时在孕期中定时产检，监测胚胎的发育情况。