跑步后耳朵痛，是因为气流改变较快，通过咽鼓管影响鼓室内外压力不一样，并且气体直接刺激鼓膜，导致疼痛，并放射至耳后。

长时间跑步时，颈部血管及肌肉可长时间处于紧张、痉挛缺血状态，导致血管灌注不足，肌肉疲劳损伤，引起耳后疼痛。如果是耳廓的话，可能考虑是吹风受冻后，局部血管痉挛和冻伤所致。因耳廓外露，血供较差，故冬天外出需要注意耳廓防寒保暖。如果是耳朵深部疼痛不舒服，考虑可能是急性外耳道炎或者是中耳炎所致，可观察看看，如无缓解，可耳鼻喉科进一步检查看看。