疱疹性咽峡炎与手足口病主要区别有：

第一，手足口病的疹子可以在口腔、手、足、臀部，疱疹性咽峡炎的疹子仅在口腔出现。第二，手足口病的发烧大多数是低烧，液温一般低于38.5摄氏度，部分患者根本不发热，疱疹性咽峡炎是突发的高热，甚至液温可达40摄氏度以上。第三，手足口病的病程在7~10天之内可恢复，疱疹性咽颊炎在5~6天内可以恢复。第四，手足口病严重的会影响孩子生命，而疱疹性咽峡炎很少出现危重症，最多是引起孩子脱水。