肛瘘手术的头两天是比较疼痛的。因为在头几天，患者可以出现肛门部的水肿和充血，并且这时肉芽组织未生长上来，神经会裸露于空气中，就会引起明显的疼痛。

所以为了避免疼痛，患者应积极的进行换药，并且配合药物坐浴治疗。坐浴液一般可以选用医院的中药制剂等，有时也可以口服止痛的药物，例如布洛芬缓释胶囊、去痛片、羟考酮片等，部分患者还可以肌注药物，例如杜冷丁、吗啡等，有时也可以使用镇痛泵进行持续止痛治疗。在治疗期间应避免饮用含有酒精的饮品，也不要吃辛辣食物，因为这些可能会导致疼痛的进一步加重，可适当摄入新鲜的水果和蔬菜，以促进创面尽快恢复，有助于减轻疼痛。