对于先天性乳糖酶缺乏的婴儿，要禁食母乳及普通的配方奶粉，可以改成无乳糖奶粉或水解蛋白奶粉喂养。如果是继发性乳糖酶缺乏的，可以先治疗原发病。在治疗原发病期间也暂停禁食含有乳糖的母乳或者普通的配方奶粉，改成无乳糖奶粉或者水解蛋白奶粉喂养。等原发病治疗好了以后可以再慢慢的过渡到母乳或者普通奶粉喂养。

另外也可以给益生菌口服，益生菌可以促进小肠上皮细胞的增生，有利于乳糖酶的恢复。乳糖不耐受又称为乳糖消化不良或者乳糖吸收不良，是指人体不能产生分解乳糖的乳糖酶，所以无法完全消化乳制品当中的乳糖，因此在食用乳类后会出现腹痛、腹泻、腹胀等，消化系统的症状。