精子有问题不一定会导致胎儿畸形，这种影响是全或无的。

因为精子有问题，更大的概率是导致不能游到输卵管壶腹部和卵子结合，因此造成的后果是不孕不育。有偶然的因素，即使精子质量有问题，但是形成了受精卵，引起女方怀孕以后，在后期的发育过程中，由于精子本身可能存在一定的先天性缺陷，有基因的突变、缺失和染色体的异常。因此，在后面的发育过程中，就会出现胎儿先天性的发育畸形，或者是迟育、停育等，可以出现先兆和实质性的流产，这就是精子本身质量比较低，或者是存在异常所导致的后果。

另外，尽管男性检测出来的精液指标不合格，但是和卵子结合的内颗精子本身质量没有任何的问题，这时女方只要正常的进行产检，做一些遗传学的筛查，各项指标正常，就可以安心正常的进行怀孕。