自身免疫性疾病是指机体对于自身抗原发生了免疫反应，而导致自身组织损害所引起的疾病。机体的免疫系统对外来的抗原通常会产生免疫应答，通常是将外来的抗原清除，自身的成分也会发生一些无伤害作用的免疫应答以及自身免疫状态，如发热等表现。如果自身免疫功能过强，机体免疫系统不能或者是不易清除自身细胞或组织抗原，就会引起机体自身免疫系统对自身抗原不断进行免疫攻击，导致自身免疫性的疾病发生。

自身免疫性的疾病可以分为器官特异性自身免疫病和系统性自身免疫病。器官特异性的自身免疫病，如桥本氏甲状腺炎、甲状腺相关性眼病、1型糖尿病等等。系统性的自身免疫性疾病，也称为全身性的自身免疫性疾病，通常包括如系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎等等。