手术治疗需要用到局部麻醉和全身麻醉，目前多采用的是全身麻醉，之后才会进行手术。

手术开始之前，首先要先切除钩突，尤其要把钩突的尾端去除，这样才可以暴露上颌窦的自然开口。之后用弯吸引器头或者动力系统把上颌窦的开口扩大，吸出窦腔里的脓性分泌物和病变组织。然后再开放筛窦等进行下一步的处理，比如是否要开放额窦和蝶窦的情况。

鼻窦炎慢性的情况下，如果保守治疗没有效果或者是效果不好，就要进行手术治疗。