肚脐眼臭可以外涂碘伏溶液或莫匹罗星软膏等，还可用碘酒消毒后再用酒精脱碘，必要时还可进行清创手术，还可能需要使用抗生素或抗厌氧菌药物。

如果是由于脐炎导致的肚脐眼臭，一般可以外涂一些药物，例如碘伏溶液或者是莫匹罗星软膏等进行治疗，有时也可以使用碘酒进行消毒后再用酒精进行脱碘。如果感染较严重，则需要去医院的外科进行处置，一般需要在麻醉状态下进行切开清创，后期再给予规律换药。有时也需要使用抗生素进行治疗，例如头孢类抗生素或者是青霉素类抗生素等，常用的药物有头孢氨苄、头孢呋辛，青霉素V甲片等。部分患者还需要使用抗厌氧菌药物，例如甲硝唑、奥硝唑、替硝唑等。在治疗期间应避免饮用含有酒精的饮品，不要吃辛辣食物。