新生儿照蓝光有以下一些副作用，可以出现发热、腹泻、皮疹，一般不严重，可以继续光疗，或者在暂停光疗后可以自行缓解。

当血清中结合胆红素大于4mg/dl，并且血清丙氨酸氨基转移酶和碱性磷酸酶增高的时候，照蓝光可以使皮肤呈青铜色，即青铜症，这个时候应该停止光疗，青铜症可以自行消退。另外，光疗的时候应当补充充分的水分。

当新生儿血清中未结合胆红素增高，超过了一定的范围，达到光疗标准的时候，就可以进行光疗。在光疗作用下，可以使未结合胆红素异构化，这些异构体呈水溶性，可以不经过肝脏处置，直接经胆汁和尿液排出。