病毒性腹泻主要是给予对症治疗。对腹泻次数较多的患者，可使用止泻药物，缩短病程，如蒙脱石散。还可以配合肠道微生态制剂，如金双歧、整肠生、嗜酸乳杆菌，或者布拉氏酵母菌等治疗腹泻。还可以使用洛哌丁胺、消旋卡多曲，抑制肠道蠕动，减少水和电解质过度分泌，缩短病程。如果患者是免疫缺陷的人群或者早产儿，可以使用一些抗菌的药物。

病毒感染所导致的腹泻一般为自限性疾病，一周左右可以自行好转。