功能性消化不良的并发症主要表现为：随着病情反复发作，会影响患者的生活质量以及工作、学习状态；也可能会引起慢性贫血、消瘦、乏力、精神不振或者营养不良；还可能会出现一系列的精神症状，例如抑郁、失眠、焦虑、长期头痛，还有出现记忆力下降、注意力不集中等临床表现。

在治疗方面，需要遵循综合治疗以及个体化治疗的原则，主要是给予对症支持治疗，也要注意调节情绪，注意养成良好的作息，同时要养成良好的饮食习惯。