由于甲状旁腺功能障碍的程度不同，其临床表现轻重不同。轻者可以无症状，只能通过实验室检查发现；重症者可以表现为甲状旁腺功能完全丧失。肌肉疼痛和疼痛性痉挛是本病的早期表现，可发展为手足的麻木、僵硬和刺痛，可能仅有一些阳性体征。喉和手足的痉挛伴意识丧失的惊厥间断出现，可间隔数天、数周或数月发病一次，发作开始时可以伴有腹痛，随后出现肌强直，头部后仰以及发绀。患者牙齿萌发延迟且不规则，牙釉质形成也不规则，皮肤干燥、脱屑，指甲有横纹。如果出现粘膜、皮肤念珠菌病时，感染常累及指甲，口腔粘膜及口角，较少发生于皮肤。

长期未治疗的患者，出现白内障，是甲状旁腺功能减退症的直接后果；也可能出现其他自身免疫性眼病，比如角膜、结膜炎等。如果长期不治疗，在智力方面也可以发生永久性的损害。