会厌囊肿和会厌癌的鉴别在于会厌囊肿为良性肿瘤。会厌癌为恶性肿瘤，会厌囊肿早期可无症状，或仅有咽部的异物感。当会厌囊肿增大，压迫会厌可出现呼吸不畅、呼吸困难。而会厌癌早期也可出现咽部的异物感，可有咽喉部疼痛、痰中带血，后期也可出现呼吸不畅和呼吸困难。

　　喉镜检查时会厌囊肿为圆形的、表面光滑的淡黄色的肿物。而会厌癌为表面不光滑的、菜花样的肿物或者是溃疡。两者通过病理检查可以明确诊断。