慢性粒细胞白血病的病因非常特殊，主要是因为9号染色体和22号染色体发生异位，产生特殊的融合基因，称为BCR-ABL融合基因。这种融合基因表达一种特殊的融合蛋白，称为BCR-ABL融合蛋白，会导致粒细胞长期存活下去而不死亡。如果不死亡的粒细胞在人体里堆积，导致细胞数目显著增高，就会引起外周血白细胞数目特别高。